Además de las competencias previstas en el artículo 40 de la Ley 3/2001, de 3 de julio, corresponden a la Dirección General de Política Agraria Comunitaria, en materia de aplicación de la Política Agrícola Comunitaria en la Comunidad Autónoma de Castilla y León, las siguientes atribuciones:

1. La gestión integrada de los pagos directos a los agricultores en virtud de los regímenes de ayuda incluidos en el marco de la Política Agrícola Común, financiados por el Feaga. 
2. La gestión de los derechos de pago de las ayudas Feaga.
3. La gestión de las ayudas de agroambiente y clima cofinanciadas por el Feader, sin perjuicio de las competencias asignadas a otros centros directivos.
4. La gestión de las ayudas de agricultura ecológica cofinanciadas por el Feader.
5. La gestión de las ayudas a zonas con limitaciones naturales u otras limitaciones específicas cofinanciadas por el Feader.
6. La gestión de las ayudas a los servicios de asesoramiento, gestión y sustitución de explotaciones agrarias cofinanciadas por el Feader.
7. La intervención de mercados agrícolas y ganaderos encomendada por la Administración General del Estado y reestructuración de productos y producciones agrarios.
8. El establecimiento de los procedimientos para asegurar la coordinación de las actuaciones de control de la condicionalidad de las ayudas Feaga y Feader.
9. La explotación y mantenimiento del Sistema de información geográfica de las parcelas agrícolas (Sigpac), en el territorio de Castilla y León.
10. El ejercicio de la potestad sancionadora en relación con lo establecido en los apartados anteriores o en el marco de la legislación que le sea de aplicación por razón de la materia.
11. Cualquier otra que se le atribuya, desconcentre, delegue o encomiende.